Re: [CLX] Fwd: [TECH] Python - Chimie - Web

[Laurent Bertaud <laurent AT bertaud.org>]

Georges Khaznadar a écrit :

>> Je recherche un logiciel (libre, bien sûr), python based,
>> de type ChemCalc, qui, à partir d'une formule brute, peut
>> me donner au moins la formule développée des composés possibles.
> 
> Laurent, tu peux préciser la question ?
Oui, après coup, j'ai réalisé que la question était vague.

> ce que tu nommes "formule développée", c'est quoi ? Un objet en texte
> ascii ? un objet que LaTeX peut mettre en page ? Un fichier représentant
> une forme d'énergie minimale de la molécule ?

Par formule développée, je n'ai pas encore décidé, mais cela peut être :

- une chaine de caractères de type C3H6O2N4... où les lettre symbolisent
les éléments les nombres le nombre d'éléments (ou de moles d'éléments)
par molécule (ou de moles de molécules),

- une liste de coefficients, mais cela impose un ordre dans l'apparition
des éléments dans la formule brute:
CxHyOzNt... => [x, y, z, t]

Pour préciser les choses, je souhaite intégrer Pymol (ou un équivalent)
à une application Web en utilisant Python et itools.

http://www.ikaaro.org/

Il s'agit d'amorcer la chose en donnant la formule brute dans un
formulaire et après soumission dudit formulaire, récupérer pour
commencer la listes des composés possibles (isomères) sous forme de
formule plane semi-développées (images) ou sous forme d'image 3D.

Je souhaite pour une première itération quelque chose de simple qui
mette en oeuvre une intégration de Pymol (ou équivalent) dans une WebApp
via itools en utilisant la technologie python (obligatoire).
L'idée de base est de soumettre un formule développée dans un formulaire
web et de récupérer la liste des composés possibles et de les afficher
dans une page sous une forme d'image par exemple (ou autre procédé
affichable dans une page web).

Pour la suite on peut imaginer une aide à l'identification chimique, en
suggérant une méthode spectroscopique Infra-rouge ou RMN.
Ca peut prendre une orientation pédagogique.

J'ai pensé à Pymol à travers ce j'ai lu à propos de sa puissance et de
sa large utilisation en chimie. J'avoue que pour l'instant, j'en sais
peu de chose si ce n'est que j'ai un ASUS AMD64 de type TURION TL56 avec
une GeForceGo 7600. J'ai un pb de driver OpenGL que je cherche à
contourner pour utiliser Pymol seul afin de "l'évaluer".

J'espère avoir été un peu plus clair.

Amitiés,
-- 
Laurent Bertaud - KeyID AT pgp.mit.edu : 543C9E39
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