Re: [CLX] Fwd: [TECH] Python - Chimie - Web

[Georges Khaznadar <georges.khaznadar AT free.fr>]

Bonjour Laurent,

je peux te conseiller le paquet chemical-structures créé par Jérôme
Pansanel que je maintiens comme paquet debian, dans le dépôt suivant :
deb http://debian.ofset.org etch main

Celui-ci contient une collection de quelques 500 molécules intéressant
l'enseignement secondaire et universitaire de premier cycle, indexées de
diverses manières, et rendues disponibles ous des formats divers et
utiles.

On peut imaginer un outil de requête simple en python qui part d'une
formule brute pour amener les urls des fichiers intéressants.

je peux aussi te signaler le paquet chemq dont je suis l'auteur, qui
sait faire quelques petites choses à partir de notation chimiques
"plates", comme leur donner du "relief" en en faisant une source LaTeX,
calculer des masse molaires, vérifier que des équations de réaction sont
équilibrées, combiner plusieurs réactions (par exemple demi-réactions
rédox) pour en déduire un bilan, tout en faisant un calcul valide de
potentiels standards, ou de contantes d'équilibre (de Gulder Vaage).

C'est empaqueté pour Debian, sinon tu trouves les sources à gna.org

Enfin je peux te conseiller de jeter un coup d'oeil au serveur Wims,
excellent pour les maths, qui commence à disposer de quelques modules de
haut niveau pur la chimie.

Amitiés,                        Georges.

Laurent Bertaud a écrit :
> Georges Khaznadar a écrit :
> 
> >> Je recherche un logiciel (libre, bien sûr), python based,
> >> de type ChemCalc, qui, à partir d'une formule brute, peut
> >> me donner au moins la formule développée des composés possibles.
> > 
> > Laurent, tu peux préciser la question ?
> Oui, après coup, j'ai réalisé que la question était vague.
> 
> > ce que tu nommes "formule développée", c'est quoi ? Un objet en texte
> > ascii ? un objet que LaTeX peut mettre en page ? Un fichier représentant
> > une forme d'énergie minimale de la molécule ?
> 
> Par formule développée, je n'ai pas encore décidé, mais cela peut être :
> 
> - une chaine de caractères de type C3H6O2N4... où les lettre symbolisent
> les éléments les nombres le nombre d'éléments (ou de moles d'éléments)
> par molécule (ou de moles de molécules),
> 
> - une liste de coefficients, mais cela impose un ordre dans l'apparition
> des éléments dans la formule brute:
> CxHyOzNt... => [x, y, z, t]
> 
> Pour préciser les choses, je souhaite intégrer Pymol (ou un équivalent)
> à une application Web en utilisant Python et itools.
> 
> http://www.ikaaro.org/
> 
> Il s'agit d'amorcer la chose en donnant la formule brute dans un
> formulaire et après soumission dudit formulaire, récupérer pour
> commencer la listes des composés possibles (isomères) sous forme de
> formule plane semi-développées (images) ou sous forme d'image 3D.
> 
> Je souhaite pour une première itération quelque chose de simple qui
> mette en oeuvre une intégration de Pymol (ou équivalent) dans une WebApp
> via itools en utilisant la technologie python (obligatoire).
> L'idée de base est de soumettre un formule développée dans un formulaire
> web et de récupérer la liste des composés possibles et de les afficher
> dans une page sous une forme d'image par exemple (ou autre procédé
> affichable dans une page web).
> 
> Pour la suite on peut imaginer une aide à l'identification chimique, en
> suggérant une méthode spectroscopique Infra-rouge ou RMN.
> Ca peut prendre une orientation pédagogique.
> 
> J'ai pensé à Pymol à travers ce j'ai lu à propos de sa puissance et de
> sa large utilisation en chimie. J'avoue que pour l'instant, j'en sais
> peu de chose si ce n'est que j'ai un ASUS AMD64 de type TURION TL56 avec
> une GeForceGo 7600. J'ai un pb de driver OpenGL que je cherche à
> contourner pour utiliser Pymol seul afin de "l'évaluer".
> 
> J'espère avoir été un peu plus clair.
> 
> Amitiés,
> -- 
> Laurent Bertaud - KeyID AT pgp.mit.edu : 543C9E39
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> 
> 

-- 
Georges KHAZNADAR et Jocelyne FOURNIER
22 rue des mouettes, 59240 Dunkerque France.
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